Ninja Gaiden III: The Ancient Ship of Doom — это компьютерная игра в жанре платформера, разработанная и выпущенная компанией Tecmo в 1991 году. Игра была портирована на игровую консоль Atari Lynx.
События игры происходят между второй и первой частями серии. Игрок управляет персонажем Рю Хаябусой, который обвиняется в убийстве Ирен Лью и должен расследовать обстоятельства её смерти. В процессе расследования Рю раскрывает план агентов ЦРУ Фостера и Кленси, которые хотят использовать межпространственный разрыв для создания расы суперлюдей-мутантов.
Рю сражается с мутантами, называемыми бионоидами, и его геймплей включает в себя возможность висеть на горизонтальных поверхностях, изменение способностей прыжков и бонусы на сферах. В конце игры Рю сталкивается со своим клоном и человеком по имени Клэнси, который командует военным кораблём.